Dopo un periodo di formazione universitaria e post-universitaria (1971 1975: studi di orientalismo e antropologia in Italia, 1975-77: specializzazione e dottorato di stato in Cina), comincia un’attività di ricerca e docenza in Italia (1977-1980: ricerche sul campo, pubblicazioni di etnologia, etnomusicologia e antropologia visiva; seminari e corsi universitari di etnomusicologia).
Dal 1980 intraprende un’attività di critico e storico del cinema (articoli e saggi per quotidiani e riviste in Italia, Francia, German...visualizza tuttonia, Paesi Bassi e Svizzera; volumi e saggi per pubblicazioni di storia del cinema in Italia, Francia, e Spagna).
Tra il 1982 e il 2007 crea e dirige collane di libri di cinema presso diversi editori (in Italia, Paesi Bassi e Svizzera), cura personalmente volumi antologici di saggi e altre pubblicazioni monografiche. Tra i volumi che ha firmato: Ombre elettriche. Saggi e ricerche sul cinema cinese, Electa, 1981; Il manifesto cinematografico cinese, Electa, 1981; CinemAsia, Marsilio, 1983; Le avventurose storie del cinema indiano, Marsilio, 1984; Schermi giapponesi, Marsilio 1985; Il Nuovo Cinema Cinese, Di Giovanni Editore, 1986; Racconti crudeli di gioventù. Il Nuovo Cinema Giapponese, Lindau, 1986; Taiwan: Nuove Ombre Elettriche, Marsilio, 1987; Ombre elettriche.
Cento anni di cinema cinese, Electa 2005. È autore dei capitoli sul cinema dell’India e dell’Asia Orentale e del Sud-est per la Storia del cinema (sotto la direzione dei Proff. Gian Piero Brunetta e Lino Micciché, Curcio Editore, Roma 1985-1987) e sul cinema cinese per la Historia del cine (Editora Catedra, Barcelona 1991-94). La sua ultima pubblicazione monografica è un volume di dialoghi con il regista Peter Greenaway Se il cinema è morto, ricominciamo da capo (Accademia di Architettura, Mendrisio 2010). Contribuisce regolarmente con saggi e introduzioni a libri e altre pubblicazioni sul cinema e la cultura visiva.
Autore e sceneggiatore di documentari sul cinema (per la RAI e la TSR - Televisione svizzera romanda), tra il 1982 e il 1989 inizia le sue prime collaborazioni sui set di produzioni cinematografiche - come fonico di presa diretta, assistente alla regia e attore (tra gli altri, per due “padri fondatori” del Nuovo Cinema: in Europa, il francese Jean Rouch; in Asia, l’hongkonghese Allen Fong).
Dal 1978 inizia a prendere forma il suo profilo di “fabbricante di festival”. Dopo aver collaborato con diversi festival europei (anche come curatore di programmazioni monografiche), crea e dirige nel 1982 a Torino il primo grande evento internazionale di cinema del capoluogo piemontese, “Ombre elettriche” (grande retrospettiva della storia del cinema cinese in 135 film), passando poi alla Mostra Internazionale del Nuovo Cinema (Pesaro) come responsabile della programmazione prima (1983-1985), e poi come direttore del festival (1986-1989).
Collabora in modo continuativo dal 1980 al 1994 alle selezioni (in particolare come consulente per il cinema asiatico) della Mostra Internazionale d’Arte Cinematografica di Venezia.
Dal 1989 al 1991 è direttore del Festival di Rotterdam e in quel contesto crea lo Huub Bals Fund e il Coproduction Workshop (attualmente denominato “Cinemart Projects”), due strumenti che svolgeranno un ruolo determinante, in Europa e nel mondo, nell’assicurare sostegno finanziario e “culturale” ai progetti di cinema indipendente del Sud e dell’Est.
Dal 1991 al 2000 dirige il Festival internazionale del film Locarno, rinnovandone dalle fondamenta i criteri di programmazione. Accanto alle numerosissime “rivelazioni” di registi alle loro prime opere, che poi diverranno celebri a livello internazionale, così che cresce progressivamente la credibilità del festival elvetico, si distingue anche il lavoro di fondo sulle retrospettive: il complesso di proiezioni e dibattiti animate da Jean-Luc Godard attorno al Primo Centenario del Cinema e alla prima mondiale delle sue Histoire(s) du cinéma; la revisione incrociata di 50 anni di “cinema americano vista dai suoi autori” firmata da Coppola, Scorsese, Eastwood, Allen, Bigelow, Jarmusch, Carpenter, Lynch, Van Sant, Ferrara, Woo e altri “grandi” del cinema USA; l’integrale di Joe Dante completata dal panorama dei registi “seconda generazione” della scuola di Roger Corman; le prime vere integrali di Marco Bellocchio (con la prima mostra dei suoi schizzi e disegni preparatori per il cinema), Abbas Kiarostami (con la prima mostra dei suoi acquarelli e delle sue foto) e Youssef Chahine; la scoperta di 30 capolavori del cinema sovietico, fatti sparire dalla censura e mai “liberati”. Ogni programmazione retrospettiva è accompagnata da una pubblicazione monografica.
Parallelamente alla sua attività di direttore della storica manifestazione sulle rive del Verbano, crea e dirige tra il 1992 e il 2002 la Fondazione Montecinemaverità (che rielabora alla luce delle nuove prospettive di cooperazione cinematografica i presupposti dello Huub Bals Fund).
Tra il 1998 e il 2002, e poi di nuovo nel 2004, svolge l’attività di responsabile del Dipartimento Film e Video di Fabrica (centro di ricerca sulla comunicazione del Gruppo Benetton), dove si occupa della formazione di nuovi cineasti e videasti. In questo contesto si precisa il suo nuovo profilo di produttore cinematografico – inizialmente per Fabrica Cinema, la struttura di produzione che crea a integrazione del Dipartimento. Le sue produzioni per Fabrica Cinema sono: due cortometraggi di borsisti del centro di ricerca, Afterwords di Gianfranco Rosi (Venezia 2000) e Prima esperienza di morte di Aida Begic (Cannes 2002); nove lungometraggi di nuovi registi o di registi considerati “scomodi” nel loro paese. Tre fra questi sono le coproduzioni: Viaggio verso il sole di Yesim Ustaoglu (Turchia), due premi a Berlino 1999; Moloch di Aleksander Sokurov (Russia), premio per la sceneggiatura a Cannes 1999; Adanggaman di Roger Gnoan M’Bala (Costa d’Avorio), Venezia 2001, che vince due premi maggiori al festival panafricano di Ouagadougou 2000. Sei sono i film che produce per Fabrica: Diciassette anni di Zhang Yuan (Cina), Leone d’argento per la regia a Venezia 1999; Lavagne di Samira Makhmalbaf (Iran), premio speciale della giuria a Cannes 2000; La bestia dalle sette teste di Lais Bodansky (Brasile), premio dei giovani a Locarno 2000 e 32 premi in Brasile e in America Latina; No Man’s Land di Danis Tanovic (Bosnia), premio per la sceneggiatura a Cannes 2001, Oscar 2002 per il miglior film straniero; Il voto è segreto di Babak Payami (Iran), Leone d’argento per la regia a Venezia 2001; L’angelo della spalla destra di Jamshed Usmonov (Tagikistan), Cannes 2002 (Premio della critica al London Film Festival, Premio Speciale della Giuria al Filmex di Tokyo).
Nell’inverno 2002, è l'iniziatore a Bologna del progetto della Fondazione Officina Cinema Sud Est, costruita sul modello delle due fondazioni che aveva creato e diretto nei Paesi Bassi e in Svizzera. La Fondazione (di cui è stato Vice Presidente sino all’aprile 2004) si proponeva di stimolare la crescita di partenariati tra l’industria cinematografica italiana e il cinema dei paesi del Sud e dell’Est.
Sempre a Bologna, crea nel 2003 l'Associazione Lus, un consorzio di compagnie teatrali e collettivi di videasti che vuole funzionare come incubatore di progetti cinematografici di opere prime di registi teatrali.
Dalla primavera 2002 all’aprile 2004 è stato Presidente di Downtown Pictures, che fonda a Bologna come casa di produzione e centro di iniziative audiovisive a tutto campo, ma con un’attenzione particolare per i nuovi cineasti e le nuove realtà del cinema e degli audiovisivi.
Sono cinque i film che produce per Downtown. La sua prima produzione è il film turco-grecocipriota Çamur (Fango) di Darvish Zaim (Premio UNESCO, Mostra di Venezia 2003), a cui seguono Solnce (Il sole/The Sun) del russo Aleksandr Sokurov (in concorso al Festival di Berlino 2005), Face Addict (id.) di Edo Bertoglio (in concorso al Festival di Locarno 2005), Kanshangqu hen mei (La guerra dei fiori rossi/Little Red Flowers) del cinese Zhang Yuan (in concorso al Festival di Sundance 2006 e nella selezione di Panorama al Festival di Berlino 2006) e infine, prodotto assieme a Angelo Curti di Teatri Uniti, Grido, primo lungometraggio in bilico tra documento e fiction del regista teatrale Pippo Delbono (Cinema - Festa Internazionale di Roma, 2006).
All’inizio dell’estate 2003 costituisce in Svizzera, assieme a un gruppo di “business angels”, una casa di produzione elvetica, la Riforma Film (Lugano), che lascia nell'ottobre 2007. Questo gli consente di dar vita, assieme ad altri quattro case di produzione ticinesi, all’APICE, raggruppamento di produttori indipendenti della Svizzera di lingua italiana. Per la Riforma Film ha sviluppato il progetto Le Valli della paura, poi divenuto La valle delle ombre, primo lungometraggio del ticinese Mihaly Gyorik (dai racconti dello scrittore romagnolo Eraldo Baldini).
Nel corso del 2003, elabora il progetto del “Barbarano Cine Lab”, laboratorio pratico-teorico di cinema che dirige per tre semestri di corsi di regia e sceneggiatura, dalla primavera 2004 alla fine inverno 2005 a Barbarano Romano (VT), in collaborazione con l'Università della Tuscia e con il sostegno della Regione Lazio, della Provincia di Viterbo e del Fondo Sociale Europeo.
Viene chiamato nel 2003 ad assumere la presidenza del CISA (Conservatorio Internazionale di Scienze Audiovisive) di Lugano. Alla morte del fondatore del CISA, Pio Bordoni, svolge ad interim dal gennaio 2006 e sino alla primavera 2007 la funzione di Preside della scuola.
Dall’aprile 2004 al Dicembre 2011 è stato il direttore del Settore Cinema della Biennale di Venezia e della Mostra Internazionale d’Arte Cinematografica.
Il Preside Lio Galfetti e l'architetto Mario Botta lo chiamano nel 2002 a tenere il corso di Storia dell’Arte - Storia delle forme cinematografiche presso l’Accademia d’Architettura dell’Università della Svizzera italiana. La docenza si sviluppa sino a dar forma anche ad un modulo di Production Design e l’insegnamento diviene dunque il corso di "Storia degli stili e delle tecniche del cinema".
Dalla primavera 2007, infine, è nominato Professore Titolare della cattedra di "Stili e tecniche del cinema" e tiene (2007-2012) un corso semestrale specialistico di Production Design.
Tra i maggiori premi internazionali che Marco Müller ha ricevuto negli ultimi anni: Premio Fondazione del Centenario (Svizzera 2007), Premio della Japan Foundation per le Arti (Giappone, 2008), Ordine "Druzhba" di Merito Culturale (Russia, 2010), Premio del Contributo agli Scambi Bilaterali (Cina, 2011).
Nel 2012 è il direttore artistico del Festival Internazionale del Film di Roma.
